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为了与其他疾病更好的区别，非常有必要了解三叉神经痛的典型症状：在触摸一侧脸颊、鼻孔、牙齿或下巴的时候，会在同侧面部出现触碰诱发性的强烈刺痛。 对有三叉神经痛，还可以根据病因分为原发性和继发性三叉神经痛。仅根据疼痛特征，可能无法区分疼痛是否继发于多发性硬化症或占位性病变。在继发性患者中，神经功能障碍、三叉神经外症状、双侧疼痛和年轻发病更为常见。

原发性和继发性头痛和面部疼痛的鉴别诊断包括：

• 舌咽神经痛：引起舌背、咽部或耳深部诱发刺痛。触发因素与TN有所不同，包括吞咽、咳嗽、打喷嚏。
• 痛性创伤后三叉神经病变：可导致类似TN的刺伤和触摸诱发疼痛，但疼痛定义为先有创伤，通常存在与受损外周神经功能对应的明确的神经异常。
• 持续的特发性面部疼痛：会引起触摸诱发或自发的迟钝或固定的持续性疼痛
• 急性带状疱疹引起的疼痛性三叉神经病变：导致灼痛和刺痛，三叉神经分布区出现疱疹性皮疹，常表现有刺痛感和神经系统异常。
• 伴有自主症状的短期单侧神经痛性头痛发作，伴有结膜水肿和流泪的短期单侧的神经痛性头痛发作或阵发性偏头痛可引起触觉诱发和自发刺痛眼眶、眶上或颞部疼痛，并伴有同侧自主症状。与TN不同的是，疼痛可能会发生改变
• 丛集性头痛引起眼眶、眶上或颞部疼痛，伴有同侧自主神经症状和不宁。持续时间为15-180分钟。与TN不同的是疼痛可能会出现左右侧的变化。
• 原发性刺痛性头痛：导致头皮刺痛性自发性疼痛，且不伴有自主神经症状
• 牙源性疼痛的鉴别：
• 牙齿劈裂：咀嚼硬食物时引起诱发的刺痛
• 龋齿或牙髓炎：可在摄入甜食、冷食或热食时引起诱发疼痛。疼痛可以持续十几分钟到数小时