肉毒素以其作用于神经肌肉接头的作用机制常常用来治疗肌张力障碍性疾病。用于治疗其他疾病，如带状疱疹后神经痛、复杂性区域性疼痛综合症等疾病也有报道。近来有中国学者发表文章，报道了对八十余例三叉神经痛患者使用肉毒素注射并随访14个月的结果。有效的治疗最短为三个月，有52的患者疼痛得到完全控制。治疗效果通常与治疗后3个月时开始出现下降，在14月时治疗的总有效率约在38.6%，此时仍有25%的患者疼痛完全控制中。有数个患者注射后表现出轻度的面部肿胀和不对称，无需特殊治疗觉自然缓解。
研究最后认为，最为一种安全有效的方法肉毒素A注射可以用于治疗三叉神经痛。至少有四分之一的患者在随访期疼痛控制满意。